Gli isoflavoni sono noti agli scienziati da più di 50 anni, ma fino a poco fa la documentazione scientifica su questi fitochimici si limitava ad una manciata di saggi.

Negli ultimi anni, invece, sulle riviste scientifiche sono comparsi, ogni anno, più di 300 articoli sugli isoflavoni. Parecchi fattori hanno dato origine a questo interesse nell'ambito della ricerca, ma il più importante è, senza dubbio, la decisione del National Cancer Institute, maturata nel 1990, di stanziare circa 3 milioni di dollari per finanziare gli studi sulle proprietà anticancro degli isoflavoni. Con il crescere dell'interesse per le proprietà biologiche e per i potenziali effetti anticancro degli isoflavoni, i ricercatori iniziarono a speculare sui possibili effetti benefici degli isoflavoni in altre aree.

I semi di soia contengono due isoflavoni primari, chiamati genisteina e daidzeina e un isoflavone minore, chiamato gliciteina. I semi integrali e gli alimenti di soia non fermentati contengono gli isoflavoni primari nella forma "glicoside", il che significa che sono associati ad una molecola di zucchero.

Al contrario, alimenti di soia fermentati (come il miso, condimento derivato dai semi della soia gialla) contengono per lo più "agliconi", ovverossia isoflavoni senza zucchero.

Gli isoflavoni hanno, in natura, una distribuzione molto limitata. I fagioli e gli alimenti di soia ne contengono circa 100 mg/g e gli alimenti di soia tradizionali forniscono circa 30 mg di isoflavoni per porzione.

Gli isoflavoni sono spesso definiti "fitoestrogeni", ossia estrogeni vegetali, in quanto la loro struttura è simile a quella dell'ormone sessuale femminile estrogeno, si legano ai recettori degli estrogeni ed esplicano un'attività estrogenica in alcuni tessuti. In ogni caso, la loro attività è estremamente debole, pari a 1/1000 - 1/10000 di quella degli estrogeni.

Il fatto significativo, però, è che, nelle persone che consumano alimenti di soia, i livelli ematici di isoflavoni possono essere 10.000 volte maggiori di quelli degli estrogeni. Così, a dispetto della loro relativa debolezza, gli isoflavoni hanno dimostrato di possedere effetti fisiologici "in vivo" e si ritiene siano in grado di esplicare effetti sia estrogenici sia antiestrogenici. In teoria, l'effetto dipende dall'ambiente ormonale e dal tessuto in questione. Grazie alla loro proprietà agonista/antagonista, si guarda agli isoflavoni come a dei modulatori selettivi dei recettori degli estrogeni (SERMS) alla stregua del tamoxifene, farmaco anticancro, e del raloxifene, nuovo farmaco antiosteoporosi. In ogni caso, alcuni dei più importanti benefici degli isoflavoni vanno oltre le loro deboli proprietà estrogeniche.