L'azione estrogenica degli isoflavoni, combinata con le similitudini fra la loro struttura e quello dell'isoflavone sintetico, ipriflavone, un farmaco antiosteoporosi che rallenta la perdita ossea nelle donne in peri- e post-menopausa, induce a ipotizzare che questi costituenti dei semi di soia potrebbero esercitare un'azione benefica per la salute delle ossa.

La bassa incidenza di fratture dell'anca nei paesi asiatici viene spesso citata come supporto epidemiologico a favore delle proprietà degli isoflavoni.

Inoltre, numerosi studi a breve termine, in donne in peri- e postmenopausa, mostrano che il consumo di soia influisce positivamente sul contenuto in sali minerali delle ossa (BMD) in particolare a livello di colonna vertebrale. Questi studi indicano gli isoflavoni quali componenti attivi della soia in quanto i prodotti di soia con scarse quantità di isoflavoni non risultano efficaci.