Molti esperti sono convinti che gli isoflavoni siano ininfluenti e che i prodotti di soia siano ipocolesterolemizzanti indipendentemente dal contenuto in isoflavoni.

Questo è un punto importante, in quanto significa che i processi produttivi degli alimenti di soia che tendono a ridurre il contenuto in isoflavoni, non interferiscono sulle proprietà ipocolesterolemizzanti della soia. Ciò è suffragato dai numerosi studi condotti con la soia che dimostrano la sua capacità di ridurre il colesterolo nel sangue.

Potenzialmente, un punto ancora più importante è che gli isoflavoni potrebbero ridurre il rischio di malattia cardiovascolare indipendentemente dagli effetti sui livelli di colesterolo. In effetti, si ritiene che la somministrazione di estrogeni riduca il rischio di malattia cardiovascolare, ma solo il 25-50% di questa riduzione sarebbe da ricondursi all'azione degli estrogeni sulle lipoproteine.
A tal proposito, lavori preliminari suggeriscono che i fitoestrogeni della soia possiedano alcune delle proprietà degli estrogeni in relazione con la malattia cardiovascolare.

Per esempio, si è visto che 80 mg di isoflavoni migliorano la "compliance" arteriosa - una misura della elasticità arteriosa (e una bassa "compliance" arteriosa è un fattore di rischio indipendente per la malattia cardiovascolare).

Altri lavori suggeriscono che gli isoflavoni possano inibire l'ossidazione dell'LDL-colesterolo e ridurre la proliferazione di cellule muscolari lisce.

Cosi è possibile che gli alimenti di soia, anche in individui senza valori elevati di colesterolemia, abbiano un effetto benefico nel ridurre il rischio cardiovascolare.